“基因组和表观基因组大数据分析”2016年上海市研究生暑期学校

发布时间：2016-05-03浏览次数：10952

        一、背景

        随着基因分型、新一代测序、传感和图像技术的发展与成熟，产生了海量的基因组/表观基因组、生理、图像和临床的数据（包括各类常见和罕见变异、insertion/deletion, CNVs, RNA-seq, methylation-seq and Chip-seq），使得大数据分析方法成为当前研究多基因复杂疾病易感性，复杂疾病的发生机制和疾病防治研究与药物开发的关键技术，并将成为我国基因组医学自主创新的重要条件。因为通过对不断增加的、越来越复杂多样的基因组、表观基因组及生理和解剖数据的分析将为整体解析疾病的遗传和表观遗传结构提供珍贵的信息，同时也将为提高疾病的诊断、预测临床结果、了解疾病进展特征、增强健康管理和精准医疗提供基础。本暑期学校将提供对日益增加的、复杂多样的基因组、表观基因组及生理和图像大数据分析的统一标准框架、基础知识和有效的算法工具，并展示多变量分析到功能数据分析、关联分析到因果分析、低解析度数据到高解析度数据、单个基因组/表观基因组/生理/图像/临床到多个整合的数据分析的全套解决方案。课程设计通过真实数据和案例分析来介绍目前统计方法、计算算法和软件的发展，以满足当前对规模越来越大的复杂基因组、表观基因组数据统计分析培训的巨大需求。为此在上海市教委和复旦大学的共同支持下举办本次暑期学校、旨在满足这种需求并为国内外基因组/表观基因组大数据分析、统计遗传学领域的专家学者、计算系统生物学家、从事复杂疾病遗传易感性研究的专业人员、生物信息科学工作者、研究生提供一个互相交流的平台，也为今后的项目交流和相互合作创造条件。

        因此本暑期学校的目的是：1）举办一个组织良好和高品质的短期课程，探讨统计遗传学和基因组学的前沿发展和方法；2）促进复旦大学和各国大学、研究所的国际合作；3）为研究人员/学生与外国专家互动交流提供一个宝贵的平台；4）提供文化交流和跨文化学习的独特机会。

       本期暑期学校将采取中英文授课，并对来自海外的国际学员开放。

 

        二、会议日程

        2016年6月18日    会议注册报到（全天8：00-23：00）地点:复旦大学生命科学学院，立人生物楼（邯郸校区内）

        2016年6月19 日    上午：开幕式：上海市学位办、研究生院和生科院领导致辞

         特邀报告（钟杨）

Association studies for next-generation sequencing (NGS)

  1.  Qualitative trait (MoMiao Xiong)
  2. Study design and statistical methods: Candidate gene, GWAS and whole genome sequencing (Yin Yao)
  3. Functional principal component analysis-based statistics with NGS data (MoMiao Xiong)
  4. Whole genome pleiotropic QTL analysis with NGS data (MoMiao Xiong)
  5. Large-scale RNA-seq eQTL analysis (MoMiao Xiong)

 

       19日下午 专题：基因组数据理论方法培训与研讨

          1.组学数据的分析与挖掘（田卫东）
          2.理解复杂的转录组：从头到尾(倪挺)    

       19日晚上 上机实习（田卫东）：计算中心三楼

 

       2016年6月20日    上午: 特邀报告（卢大儒）

Interaction analysis for NGS

  1. Whole genome methylation QTL analysis (MoMiao Xiong)
  2. Functional regression for interaction analysis with NGS data (MoMiao Xiong)
  3. RNA-seq interaction analysis(MoMiao Xiong)

Pathway and network analysis for NGS

  1. Deep genotype-phenotype causal network analysis (MoMiao Xiong)
  2. Integrated genotype-gene expression –image causal network analysis (MoMiao Xiong)

 

        20日下午 专题：基因组数据理论方法培训与研讨

  1. 精准医学与组学大数据标准化研究（石乐明）
  2. 人类群体中正向选择信号的检测（汪思佳）

      20日晚上 上机实习Epistasis detction with Functional Regression Model （王盼盼）：计算中心三楼

 

     2016年6月21 日    上午：特邀报告（张锋or倪挺）

Family-based association studies and RNA-seq data analysis

  1. Group test with NGS data and demonstration with real data (Yin Yao)
  2. Linear regression for QTL analysis in nuclear families (Yin Yao)
  3. Traditional methods for interaction analysis (Yin Yao)
  4. Heritability calculation: from GWAS to NGS (Yin Yao)
  5. A multivariate analysis for sub-domains of ASD (Autistic disorders)
  6. Gene-gene interaction analysis (MoMiao Xiong)
  7. Testing the haplotype effect in the era of sequencing data (Yin Yao)
  8. Exploring genetic overlap between Schizophrenia and obsessive compulsive disorder (Yin Yao)
  9. Discovery of new driver genes implicated in esophageal cancer (Yin Yao)

 

        21日下午 专题：比较基因组学和分子进化中的统计分析方法

        21日晚上 上机实习（Yin Yao，苏志熙）：计算中心三楼

 

       2016年6月22日    上午：特邀报告（金力）

Case-control based association studies and RNA-seq data analysis

  1. Group test with NGS data and demonstration with real data (Yin Yao)
  2. General introduction of clustering analysis (Yin Yao)
  3. Quantitative analysis in nuclear families (Yin Yao)
  4. An example for the  integration analysis of genotype data and neuroimaging data (Yin Yao)
  5. A time series model to predict drug onset (Yin Yao)
  6. Enrichment analysis used on a large data set with drug onset and GWAS information (Yin Yao)
  7. How are we are from Precision Medicine? ( a few real examples will be presented, Yin Yao)
 
      22日下午 专题：

        1．群体遗传结构对关联分析的影响（何云刚）

        2. 群体基因组学与基因定位研究（徐书华）

      22日晚上 上机实习(Yin Yao，倪挺) ：计算中心三楼
 

      2016年6月23日    上午：

        1.统计遗传学和群体遗传学基础及举例（王久存）
        2. Student Forum学生论坛（学员POSTER交流、评比和颁奖）    
       下午：实习
      23日 上机实习（安捷伦专家）：计算中心三楼

        注：关于学生论坛，请学员提前准备好英文海报，与国际学员一起交流自己参与的科研项目，并将当场评选最佳海报奖项（若干），最佳海报将获奖金1000元。

     2016年6月24日    市区生物多样性考察

     2016年6月25日    学员离会

        三、特邀报告人

         1.金力，博士、复旦-浩青特聘教授、中科院院士。研究领域涵盖医学遗传学、遗传流行病学、计算生物学、人类群体遗传学和基因组学。承担973、863等多项国家重点研究项目和重大课题。在国际学术刊物如Nature、Science、PNAS、American Journal of Human Genetics等发表论文200余篇。Human Genomics、现代人类学通讯主编。

        2.熊墨淼，教授，博士生导师。现任美国德州大学公共卫生学院终生教授，复旦大学现代人类学教育部重点实验室兼职教授。主要研究领域为统计遗传学与系统生物学。在基因之间、基因与环境之间交互作用模型、遗传网络构建等方面成绩显著。在PNAS、American Journal of Human Genetics、Genetics等国际学术刊物发表论文100余篇。

       3.Yin Yao，教授，博士生导师。哥伦比亚大学遗传学博士，法国里昂国际癌症研究所博士后。复旦大学现代人类学研究中心特聘教授，现为美国NIH精神疾病研究所研究员。多年来一致从事复杂疾病遗传易感性研究。先后主持和承担了多个NIH课题，具有丰富的复杂疾病遗传易感性研究关联分析工作经验。在Nature Genetics、Science、American Journal of Human Genetics、Cancer Research等国际学术刊物发表论文100余篇。

       4.卢大儒，教授，博士生导师。复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授。主要研究方向为基因组医学，人类遗传学， 基因治疗。发表SIC论文百余篇，获奖30余项。兼任中国遗传学会副秘书长等职，和实验生物学报、国外医学遗传学分册和突变癌变畸变杂志编委等。

       6．王久存，教授，博士生导师。现任复旦大学生命科学学院教授，复旦大学风湿、免疫、过敏性疾病研究中心副主任，现代人类学教育部重点实验室科研主管，硬皮病临床与研究国际协作网（InSCAR）执行委员，上海市免疫学会风湿免疫专业委员会委员。主要从事硬皮病、痛风、强直性脊柱炎等风湿免疫性疾病的分子流行病学研究及分子致病机理研究，肺癌等肿瘤致病机理的遗传学及表观遗传学研究。

      7．徐书华，博士，现为中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所研究员、研究组长、博士生导师。主要从事人类群体遗传学和计算基因组学研究，包括混合人群的遗传结构、环境适应和基因定位策略等。部分相关工作发表在Science、American Journal of Human Genetics、Molecular Biology and Evolution等杂志30多篇。曾获全国百篇优秀博士论文、中科院青年科学家奖、上海市青年科技启明星、教育部自然科学奖（一等奖）(第二完成人)等。

      8.何云刚，博士，中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所研究员。主要从事人类群体遗传学和计算基因组学研究，并着重于基因组多态性的群体遗传学， 计算基因组学和疾病研究中的计算生物学问题。部分相关工作发表在PNAS、Cell Research等杂志。

      9．钟杨，教授，博士生导师。复旦大学生命科学学院教授，西藏大学特聘教授（教育部长江学者），国家杰出青年基金获得者。现任西藏大学校长助理、复旦大学研究生院院长、国家“863”生物资源与安全技术主题专家组成员。BMC Bioinformatics、科学通报、Journal of Systematics and Evolution、Computer Methods and Programs in Biomedicine、Protein & Cell和Computer Biology and Chemistry等学术刊物编委。主要从事分子进化研究及生物信息学分析,发表SCI论文180余篇，曾获国家发明二等奖和教育部自然科学一等奖。

      10. 石乐明，博士，复旦大学生命科学学院教授，国家千人计划特聘专家，从事精准医学、药物基因组学和医学大数据研究。领导MAQC国际组学大数据质控与标准化研究计划，自然出版集团出版3个专辑；发表论文190多篇(其中11篇发表于Nature Biotechnology)，SCI引用7,000多次；获4项美国专利授权，1.1类原创抗肿瘤新药西达本胺获CFDA批准上市。

       11. 倪挺，博士，研究员，博士生导师。现为复旦大学生命科学学院研究员并入选中组部“青年千人”计划。主要从事真核生物全基因组水平的基因表达调控研究。针对转录起始、过程调控、转录终止这三个核心环节，系统创建了基于高通量测序方法的转录研究体系，特别是转录起始位点、反义转录体和多聚腺苷酸加尾的全基因组水平精确定位。在Nature Methods(一作), Nature Protocols(一作), Nature(共同作者), PNAS(共同作者, 三篇)等杂志发表多篇重要论文。申请13项中美专利，5项已获授权。

       12．田卫东，教授，博士生导师。现为复旦大学生命科学学院生物统计学研究所教授。曾获上海曙光学者、上海浦江人才等，中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会理事，上海市医学会罕见病专科学会专业委员。主要研究方向为运用统计学、计算科学、生物信息学等手段进行算法开发，对组学数据进行整合分析并精确预测基因功能、基因-基因相互作用关系、基因表现型及疾病候选基因等；构建生物大分子网络模型鉴定基因模块、研究基因模块在疾病生物网络中的动态变化行为。

 

 

       四、组织委员会

        主任委员：金力 (复旦大学和中科院计算生物所)

        委员：熊墨淼（复旦大学）、卢大儒(复旦大学)、钟杨（复旦大学）、徐书华（中科院计算生物所)、何云刚（中科院计算生物所)、石乐明（复旦大学)

        秘书长：王久存教授（复旦大学）

     五、联系方式                   

        联 系 人：钱吉 王玲娥

       通讯地址：上海市淞沪路2005号复旦大学江湾校区生命科学学院大楼A601，200438

       电话：13918022845

       传真：021-51630607

        E-mail: jiqian05@gmail.com

      六、主办单位：复旦大学、中科院-马普计算生物学伙伴研究所、上海市遗传学会

      七、承办单位：复旦大学现代人类学教育部重点实验室

      八、上课时间：2016年6月18至2016年6月25日

      九、上课地点：上海市复旦大学邯郸校区

         上课注册报到地点: 复旦大学邯郸校区 立人生物楼

         具体上课地点：复旦大学邯郸校区内（光华楼西辅楼）

       十、会议注册费：

          报名网站: http://139.196.17.252:8080/bioclass/sgc_main_s.html

             a.2016年5月31日前为优惠报名时间：

                研究生：800元/人   其他工作人员：1000元/人    国外人员：1500元/人 （部分边远和贫穷生将获交通和食宿补贴）

            5月31日后

               研究生：1000元/人  其他工作人员：1500元/人   国外人员：2000元/人

          b.会议注册费说明

            注册费包含资料费、餐费。

        6月15日之前请通过网上（http://139.196.17.252:8080/bioclass/seg_register_s.html ）注册交费，名额有限（共100人）、请尽早报名。

一般代表的交通费、住宿费回原单位报销。

         c.厂商注册及会务：

            面议

        d.注册费汇寄

（1）银行汇款方式：  户名：复旦大学   帐号：中国农行五角场支行营业部033267－08017003441，用途：论坛会议费

       请注明：“基因组和表观基因组大数据分析暑期学校”

      十二、住宿标准：标准间价格：校内及周边宾馆180-380元/人

 

                                                                                                               复旦大学现代人类学教育部重点实验室

                                                                                                                                    2016年4月