2005年度获得国家和地方的各类奖项
1郑兆鑫教授荣获2005年度何梁何利奖基金
“科学与技术进步奖”
2. 奖项:上海市科技进步一等奖
项目名称:东亚人群的起源、迁徙和遗传结构的研究
获奖人:金力(第1)，卢大儒(第2)，金建中(第5)
2006年度获得国家和地方的各类奖项
1. 奖项:教育部科技发明 二等奖
项目名称:抗猪口蹄疫病毒型基因工程疫苗
获奖人: 郑兆鑫(第1)，郭杰炎(第4)，严维耀(第6)，
刘明秋(第9)
2. 奖项：上海市科学技术进步奖 二等奖
项目名称：上海九段沙湿地自然保护区科学考察与总体规划
获奖人： 陈家宽，马志军，李博，马涛，蒋如敏，
赵斌，傅萃长
3. 奖项：上海科学技术奖－自然科学奖 三等奖
项目名称：利用抗体基因遗传转化的共生菌防治水稻条纹叶枯病
获奖人：沈大棱，明凤，李昌本，钟江，叶鸣明
2005-2006年获得临床药证二项
郑兆鑫老师等于2005年2月获得新兽药注册证书
新兽药名称：猪口蹄疫O型基因工程疫苗
注册分类：一类
印春华教师等 获“银杏酮酯注射液”临床试验批件
批件号：2006L00246，
批准日期：2006.01.26，
批准单位：国家食品药品监督管理局
2007年度获得国家和地方的各类奖项
1.金力教授等关于“Y染色体多态性与东亚人群的起源、迁徙和遗传结构的研究”获国家自然科学二等奖（复旦大学为第一获奖单位）
2.董爱武教授荣获第四届青年女科学家奖
3.钟扬教授荣获“上海市优秀学科带头人”的称号；
教育部自然学科一等奖（排名第二）
2008年度获得国家和地方的各类奖项
1、奖项：上海市自然科学奖 二等奖
项目名称：普通野生稻濒危机制及其野外保护策略研究
获奖人：宋志平（第一完成人），陈家宽（第二完成人），卢宝荣（第四完成人）
2、奖项：教育部自然科学奖 一等奖
项目名称：植物内生真菌代谢物研究
获奖人：吕红（第五完成人）
3、奖项：复旦大学教学成果 二等奖
项目名称：《生理学》课程的研究型教学改革探索与实践
获奖人：梅岩艾，曹洋，孙刚
4、奖项：首届中国出版政府奖 科技类图书提名奖
项目名称：中华民族遗传多样性研究
获奖单位：复旦大学（第一获奖单位 ）
获奖人：金力
2009年度获得国家和地方的各类奖项
1. 奖 项：上海市自然科学奖 一等奖
项目名称：转基因水稻外源基因逃逸及其环境生 物安全机理
获奖人： 卢宝荣，戎俊，宋志平，陈家宽
2. 奖 项：教育部自然科学奖 二等奖
项目名称：细胞膜钾离子通道的调制与功能研究
获奖人： 梅岩艾 张志鸿等
3. 奖 项：上海市教学成果奖 一等奖
项目名称：复旦生态学暑期高级讲习班：培养研究生掌握生态学前沿与研究方法的途径探索
获奖人： 李 博、陈吉泉、马志军、姜丽芬、赵 斌
4. 奖 项：上海市第二十二届优秀发明选拔赛优秀发明奖金奖
项目名称：籼稻和粳稻的高效分子鉴定方法
获奖人： 卢宝荣，蔡星星
5.奖 项：上海市第二十二届优秀发明选拔赛优秀发明银奖
项目名称：松江鲈鱼水花鱼苗生产技术
获奖人： 王金秋