曹志伟

发布者:彭筱葳发布时间:2022-02-28浏览次数:1107

教师基本信息

姓名:曹志伟

职称:特聘教授(二级)

职务:研究组长(PI

电子邮箱:zwcao@fudan.edu.cn

办公地点:生命科学学院G619

个人网页/课题组主页:http://www.badd-cao.net/

  

个人简介

本科毕业于南开大学,硕士毕业于南京大学,博士毕业于新加坡国立大学。上海浦江人才、曙光学者,教育部新世纪优秀人才。先后任职上海生物信息技术研究中心与同济大学生命科学与技术学院,创建同济生物信息系。任中华中医药学会中医药信息分会副主委,世中联中药系统科学与工程专委会副会长,上海中西医结合学会系统医学专业委员会副主任、上海生物信息学会理事等,2020-至今兼任 journal of cellular Biochemistry 副主编。担任科技部2021-2025 科技部BT-IT融合”重点专项指南编制专家、实施方案论证专家,2021-2035国家中长期科技发展规划生物信息子领域执笔人。

研究方向

生物信息学/计算生物学/创新药物智能设计/计算机辅助疫苗设计

研究聚焦于抗体设计与多组分协同用药的计算模型,建立了抗原表位预测-免疫交叉反应计算-抗体虚拟筛选平台,并在国际上率先建立了“复方-中药-成分-代谢-靶点”数据资源共享平台,研发了分子靶点发现与多成分协同药效预测模型,实现了中药作用机制自动解析。主持国家重点研发计划、精准医学、973863、传染病重大专项和自然科学基金以及上海市项目十余项;发表NatureNature Communications, Nucleic acids research, Molecular Biology & Evolution SCI文章120多篇。

  

国家级科研项目:

A 抗体/疫苗方向

全合成 mRNA 恶性肿瘤治疗性疫苗的设计与构建及转化研究(国家重点研发)

基于生物信息学的抗原抗体分子识别与系统模拟(科技部973

抗体结构功能的生物信息学研究(科技部973

突发传染病中和抗体分子的快速计算设计研究(自然基金面上)

甲型H3N2流感病毒抗原蛋白HA抗原性漂移的生物信息学研究(自然基金面上)

IgG抗体成熟模式的生物信息学研究(自然基金面上)

B中医药组学方向

中药复方配伍理论的计算模拟与系统分析(国家重点研发)

中国重大疾病与罕见病临床与生命组学数据库(国家重点研发)

基于转化医学的艾滋病、病毒性肝炎、结核的中医证候生物学研究(传染病重大专项)

病毒性肝炎证候生物学基础研究平台的建立(传染病重大专项)

中药作用机理的生物信息学分析策略与相应系统构建(科技部863

人肝脏蛋白质组生物信息学研究:蛋白相互作用(科技部863

蛋白质-蛋白质相互作用研究(科技部973)

人肝蛋白组学蛋白-蛋白相互作用数据库与生物信息学研究(科技部攻关计划)

  

代表性论文:

1. Deyu Yan#Genhui Zheng#,Caicui WangZikun ChenTiantian MaoJian GaoYu YanXiangyi ChenXuejie JiJinyu YuSaifeng MoHaonan WenWenhao HanMengdi ZhouYuan WangJun WangKailin Tang*,Zhiwei Cao*, HIT 2.0: an enhanced platform for Herbal Ingredients' Targets, Nucl. Acids Res.2022 Jan 7;50(D1):D1238-D1243.

2. Tang, KaiLin, Ji, XueJie; Zhou, MengDi; Deng, ZeLiang; Huang, YuWei; Zheng, GenHui; Cao, Zhiwei* Rank-in: Enabling integrative analysis across microarray and RNA-seq for cancer Nucleic Acids Res. 2021 Jul 2;gkab554. doi: 10.1093/nar/gkab554.

3. Yiyan Yang#, Chuanlun Zhang#*, Timothy M. Lenton,, Xinmiao Yan, Maoyan Zhu ,Mengdi Zhou,Jianchang Tao,Tommy J. Phelps, Zhiwei Cao* The evolution pathway of ammonia-oxidizing archaea shaped by major geological events.Molecular Biology & Evolution, 2021 May 16;doi: 10.1093/molbev/msab129.

4. Zhou Chen#; Chen Zikun#; Zhang Lu; Yan DeYu; Mao Tian; Tang Kailin; Qiu Tianyi*;Cao Zhiwei*, SEPPA 3.0-enhanced spatial epitope prediction enabling glycoprotein antigens.Nucleic Acids Res. 2019 Jul 2;47(W1):W388-W394.

5. Qiu Tianyi# ; Yang Yiyan# ; Qiu Jingxuan ; Huang Yang; Xu Tianlei; Xiao Han; Wu Dingfeng; Zhang Qingchen; Zhou Chen; Zhang Xiaoyan; Tang Kailin;Xu Jianqing*;Cao Zhiwei*, CE-BLAST: Making it possible to compute antigenic similarity for newly emerging pathogens,Nature Communications2018 May 2;9(1):1772.

6. Sun Y, Sheng Z, Ma C, Tang K, Zhu R, Wu Z, Shen R, Feng J, Wu D, Huang D, Huang D, Fei J*, Liu Q*, Cao ZW*Combining genomic and network characteristics for extended capability in predicting synergistic drugs for cancer, Nature Communications, 2015, Sep 28;6:8481.

7. Hao Ye, Li Ye,Hong Kang,Duanfeng Zhang,Lin Tao,Kailin Tang, Xueping Liu,Ruixin Zhu,Qi Liu, Y. Z. Chen, Yixue Li* andZhiwei Cao*, HIT: linking herbal active ingredients to targets,Nucl. Acids Res. 2011 Jan;39:D1055-9.

8. Qi Tao#, Qiu T#, Zhang Q, Tang K, Fan Y, Qiu J, Wu D, Zhang W, Chen Y, Gao J, Zhu R*, Cao ZW*. SEPPA 2.0--more refined server to predict spatial epitope considering species of immune host and subcellular localization of protein antigen. Nucleic Acids Res. 2014 Jul;42:W59-63.

9. Sun J, Wu D, Xu T, Wang X, Xu X, Tao L, Li YX*,Cao ZW*. SEPPA: a computational server for spatial epitope prediction of protein antigens.Nucleic Acids Res. 2009 Jul 1;37:W612-6. Epub 2009 May 22.