田卫东

发布者:王诗铭发布时间:2021-07-01浏览次数:581

教师基本信息

姓名:田卫东

职称:教授

电子邮箱:weidong.tian@fudan.edu.cn

办公地点:生科楼G609

办公电话:021-31246723


研究方向

生物信息学方法开发和应用,包括疾病编码变异和非编码调控序列变异的筛选及临床表型数据分析的算法开发和应用,单细胞数据的分析方法开发和临床应用, RNA编辑和基因转录调控,生物通路和生物网络的分析方法开发和应用等。


个人简介

1995年上海交通大学本科,1998年清华大学硕士,2004年美国华盛顿大学(圣路易斯)博士,2005-2008年美国哈佛大学医学院博士后。2008年起复旦大学生命科学学院教授,博导,复旦大学遗传工程国家重点实验室PI2009年起复旦大学附属儿科医院兼职PI2018年起山东大学齐鲁儿童医院兼职PI。上海浦江人才,上海曙光学者。中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会理事,中国卫生生产企业管理协会精准医疗分会常务理事等。


授课情况

组学数据统计和分析(本科、研究生),生物统计学方法和应用(研究生)


招生专业

生物统计学、生物信息学


代表性论文和论著

  1. Zhang, F., Li, X., Tian, W#. (2020) Unsupervised Inference of Developmental Directions for Single Cells Using VECTOR. Cell Rep. 2020 Aug 25;32(8):108069.  doi: 10.1016/j.celrep.2020.108069. (PMID: 32846127)

  2. Zhang, F., Wu, Y., Tian, W#. (2019) A novel approach to remove the batch effect of single-cell data. Cell Discovery. 2019 Sep 24;5:46. doi: 10.1038/s41421-019-0114-x. (PMID: PMC6796914)

  3. Li, Z*., Zhang, F*., Wang, Y., Qiu, Y., Wu, Y., Lu, Y., Yang, L., Qu, W.J., Wang, H., Zhou, W.#, and Tian W#.(2019) PhenoPro: A novel toolkit for assisting in the diagnosis of Mendelian diseases. Bioinformatics. 2019 Feb 19. pii: btz100. doi: 10.1093/bioinformatics/btz100 (PMID: 30843052)

  4. Zhang, F., Lu, Y., Yan, S., Xing, Q., Tian W#. (2017) SPRINT: an SNP-free toolkit for identifying RNA editing sites. Bioinformatics. July 24; DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx473. (PMID: 29036410)

  5. Chen, J. and Tian, W.# (2016) Explaining the disease phenotype of intergenic SNP through predicted long range regulation. Nucleic acids research, 44, 8641-8654. (PMID: 27280978)

  6. Dong, X., Wang, X., Zhang, F. and Tian, W#. (2016) Genome-Wide Identification of Regulatory Sequences Undergoing Accelerated Evolution in the Human Genome. Molecular Biology and Evolution, 33, 2565-2575. (PMID: 27401230)

  7. Gong, Q., Ning, W. and Tian, W#. (2016) GoFDR: A sequence alignment based method for predicting protein functions. Methods, 93, 3-14. (PMID: 26277418)

  8. Chang, B.H. and Tian, W.# (2016) GSA-Lightning: ultra-fast permutation-based gene set analysis. Bioinformatics, 32, 3029-3031. (PMID: 27296982)

  9. 田卫东,赵兴明.《生物信息学与功能基因组学》化学工业出版社,20201