教师基本信息
职称：研究员
电子邮箱：chend@fudan.edu.cn
办公地点：复旦大学生命科学学院E301-2
办公电话：021-31246742
个人简介（工作经历）
复旦大学教授。主要从事以蛋白质组为核心的临床多组学研究。
研究方向
Ø 开发一站式高效蛋白质组技术系统和数据云平台Firmiana。
Ø 建立了内源性转录因子活性分析技术（catTFRE）、转录因子DNA修饰结合偏好性解析技术（modi-TFRE）、染色质开放域转录调控蛋白质机器解析技术（ATAC-MS）。
Ø 利用多维度组学解析了多个世界或中国首项肿瘤人群多组学图谱，建立了完善的样本检测、数据处理、整合分析与可视化流程，明确了不同肿瘤的跨组学分子调控网络和肿瘤特异性驱动通路。
核心技术
Ø 一站式高效蛋白质组技术系统和数据云平台Firmiana（Nat Biotechnol，2017，2023）
Ø 内源性转录因子活性分析技术（catTFRE）（Nature Commun，2018，2019，2020）（发明专利3项）
Ø 转录因子DNA修饰结合偏好性解析技术（modi-TFRE）（Adv Sci，2021）
Ø 染色质开放域转录调控蛋白质机器解析技术（ATAC-MS）（Sci Adv，2021）
Ø 细胞和区域分辨率蛋白质组学解析技术（Cell Reports，2023）
招生专业
生物化学与分子生物学
获奖情况
两项研究工作入选“中国2023年度重要医学进展”
一项研究工作荣获“中国抗癌协会科技奖”
代表性论文和论著
Ø Ma F, Li Y, Xiang C, Wang B, Lv J, Wei J, Qin Z, Pu Y, Li K, Teng H, Tan S, Feng J, Shang Z, Wang Y, Tian S, Du C*, Han Y*, Ding C*. Proteomic characterization of esophageal squamous cell carcinoma response to immunotherapy reveals potential therapeutic strategy and predictive biomarkers. J Hematol Oncol. 2024 Mar 15;17(1):11. doi: 10.1186/s13045-024-01534-9. PMID: 38491392; PMCID: PMC10943778.（Journal of Hematology & Oncology, IF=29.5）
Ø Zheng Y, Liu Y, Yang J, Dong L, Zhang R, Tian S, Yu Y, Ren L, Hou W, Zhu F, Mai Y, Han J, Zhang L, Jiang H, Lin L, Lou J, Li R, Lin J, Liu H, Kong Z, Wang D, Dai F, Bao D, Cao Z, Chen Q, Chen Q, Chen X, Gao Y, Jiang H, Li B, Li B, Li J, Liu R, Qing T, Shang E, Shang J, Sun S, Wang H, Wang X, Zhang N, Zhang P, Zhang R, Zhu S, Scherer A, Wang J, Wang J, Huo Y, Liu G, Cao C, Shao L, Xu J, Hong H, Xiao W, Liang X, Lu D, Jin L, Tong W, Ding C*, Li J*, Fang X*, Shi L*. Multi-omics data integration using ratio-based quantitative profiling with Quartet reference materials. Nat Biotechnol. 2024 Jul;42(7):1133-1149. doi: 10.1038/s41587-023-01934-1. Epub 2023 Sep 7. PMID: 37679543; PMCID: PMC11252085.（Nature Biotechnology, IF=33.1）
Ø Zhang H, Qin Z, Yue X, Liu Y, Sun X, Feng J, Xu Z, Zhao J, Li K, Qiu J, Yang W*, He F*, Ding C*. Proteome-wide profiling of transcriptional machinery on accessible chromatin with biotinylated transposons. Sci Adv. 2021 Oct 22;7(43):eabh1022. doi: 10.1126/sciadv.abh1022. Epub 2021 Oct 22. PMID: 34678055.（Science Advances, IF=11.7）
Ø Bai L, Yang G, Qin Z, Lyu J, Wang Y, Feng J, Liu M, Gong T, Li X, Li Z, Li J, Qin J, Yang W*, Ding C*. Proteome-Wide Profiling of Readers for DNA Modification. Adv Sci (Weinh). 2021 Oct;8(19):e2101426. doi: 10.1002/advs.202101426. Epub 2021 Aug 5. PMID: 34351703; PMCID: PMC8498917.（Advanced Science, IF=14.3）
Ø Feng J, Ding C*, Qiu N, Ni X, Zhan D, Liu W, Xia X, Li P, Lu B, Zhao Q, Nie P, Song L, Zhou Q, Lai M, Guo G, Zhu W, Ren J, Shi T*, Qin J*. Firmiana: towards a one-stop proteomic cloud platform for data processing and analysis. Nat Biotechnol. 2017 May 9;35(5):409-412. doi: 10.1038/nbt.3825. PMID: 28486446.（Nature Biotechnology, IF=33.1）