基本信息
职称：研究员
电话：021-31246742
邮箱：chend@fudan.edu.cn
地址：复旦大学生命科学学院E301-2
个人简介（工作经历）
复旦大学生命科学学院教授、遗传工程国家重点实验室PI、复旦大学附属中山医院双聘教授，博士生导师。2008年毕业于中国科学技术大学，细胞生物学博士。毕业后赴美国贝勒医学院从事生物质谱和蛋白质组学博士后研究工作。2012年全职回国在北京蛋白质组研究中心任副研究员、研究员。2015年加入复旦大学生命科学学院。目前担任中国生物物理学会表型组学分会创会秘书长、Springer Nature旗下《Phenomics》杂志创刊执行主编、国家十四五重点研发计划“生物大分子与微生物”首席科学家、入选国家高层次人才特殊计划、国家海外高层次人才计划、北京市“海聚工程”、北京市“优秀青年人才”、上海市“曙光人才”、上海市“优秀学科带头人”。近五年在Nat Biotechnol、Adv Sci、Sci Adv、JHO、Hepatology、Nat Commun等杂志发表文章69篇，其中独立/共同通讯SCI论文38篇，被引4100次；获批中/美专利5项，申请中国专利10项。
研究方向
主要从事基于蛋白质组的转录调控解析研究：开发一站式蛋白质组数据云平台Firmiana；建立了内源性转录因子活性分析技术（catTFRE）;转录因子DNA修饰结合偏好性解析技术（modi-TFRE）；染色质开放域转录调控蛋白质机器解析技术（ATAC-MS）。利用多维度组学解析了胶质瘤、胃癌、肝癌、多器官鳞癌、膀胱癌、胰腺导管癌、胆管癌等队列的多维度分子调控网络图景。
招生专业
生物化学与分子生物学
获奖情况
2013年北京市第九批“海聚工程”
2014年北京市第七批“优秀青年人才”
2019年上海市“曙光人才”
2022年上海市“优秀学科带头人”
代表性论文和论著
1. Tong, Y., Sun, M., Chen, L., Wang, Y., Li, Y., Li, L., . . . Ding, C.* (2022). Proteogenomic insights into the biology and treatment of pancreatic ductal adenocarcinoma. J Hematol Oncol, 15(1), 168. doi:10.1186/s13045-022-01384-3
2. Xu, N., Yao, Z., Shang, G., Ye, D., Wang, H., Zhang, H., . . . Ding, C.* (2022). Integrated proteogenomic characterization of urothelial carcinoma of the bladder. J Hematol Oncol, 15(1), 76. doi:10.1186/s13045-022-01291-7
3. Qie, J., Liu, Y., Wang, Y., Zhang, F., Qin, Z., Tian, S., . . . Ding, C.*(2022). Integrated proteomic and transcriptomic landscape of macrophages in mouse tissues. Nat Commun, 13(1), 7389. doi:10.1038/s41467-022-35095-7
4. Li, Y., Xu, C., Wang, B., Xu, F., Ma, F., Qu, Y., . . . Ding, C.* (2022). Proteomic characterization of gastric cancer response to chemotherapy and targeted therapy reveals new therapeutic strategies. Nat Commun, 13(1), 5723. doi:10.1038/s41467-022-33282-0
5. Deng, M., Ran, P., Chen, L., Wang, Y., Yu, Z., Cai, K., . . . Ding, C.* (2022). Proteogenomic characterization of cholangiocarcinoma. Hepatology, 77(2), 411-429. doi:10.1002/hep.32624
6. Qu, Y., Feng, J., Wu, X., Bai, L., Xu, W., Zhu, L., . . . Ding, C.*(2022). A proteogenomic analysis of clear cell renal cell carcinoma in a Chinese population. Nat Commun, 13(1), 2052. doi:10.1038/s41467-022-29577-x
7. Qu, Y., Wu, X., Anwaier, A., Feng, J., Xu, W., Pei, X., . . . Ding, C.* (2022). Proteogenomic characterization of MiT family translocation renal cell carcinoma. Nat Commun, 13(1), 7494. doi:10.1038/s41467-022-34460-w
8. Zhang, H., Qin, Z., Yue, X., Liu, Y., Sun, X., Feng, J., . . . Ding, C.* (2021). Proteome-wide profiling of transcriptional machinery on accessible chromatin with biotinylated transposons. Sci Adv, 7(43), eabh1022. doi:10.1126/sciadv.abh1022
9. Bai, L., Yang, G., Qin, Z., Lyu, J., Wang, Y., Feng, J., . . . Ding, C.* (2021). Proteome-Wide Profiling of Readers for DNA Modification. Adv Sci (Weinh), 8(19), e2101426. doi:10.1002/advs.202101426
10. Wang, Y., Song, L., Liu, M., Ge, R., Zhou, Q., Liu, W., . . . Ding, C.*(2018). A proteomics landscape of circadian clock in mouse liver. Nat Commun, 9(1), 1553. doi:10.1038/s41467-018-03898-2
11. Feng, J., Ding, C.*, Qiu, N., Ni, X., Zhan, D., Liu, W., . . . Qin, J*. (2017). Firmiana: towards a one-stop proteomic cloud platform for data processing and analysis. Nat Biotechnol, 35(5), 409-412. doi:10.1038/nbt.3825